Военная контрразведка является осуществляемой в пределах полномочий органов национальной безопасности функцией, направленной на выявление, предупреждение и пресечение разведывательной деятельности в отношении Вооруженных сил и других военных структур РА со стороны спецслужб и иных организаций, а также отдельных лиц иностранных государств. Военная контрразведка является одной из основных направлений деятельности органов национальной безопасности. Согласно закону РА «Об органах национальной безопасности», «Военная контрразведывательная деятельность осуществляется органами военной контрразведки (службами, отделами, отделениями) уполномоченного органа в Вооруженных Силах Республики Армения, войсках Полиции Республики Армения и иных войсках и воинских формированиях, а также в их органах управления в целях выявления, предупреждения и пресечения  преступлений, следствие по которым отнесено к их ведению, защиты от проникновения специальных служб иностранных государств, а также в целях содействия командованию в поддержании боеспособности и боевой готовности».

Правовой основой для деятельности органов ВКР СНБ РА являются Конституция РА, Законы РА «Об органах национальной безопасности», «Об оперативно-разыскной деятельности», «О государственной и служебной тайне», соответствующее постановление Правительства РА об обеспечении режима секретности в РА, Устав СНБ РА, утвержденные совместные приказы МО РА и СНБ РА, внутренние (локальные) акты СНБ РА и т. д.

По постановлению Правительства РА от 6 июня 1995 года № 496 органы ВКР СНБ РА осуществляют свою деятельность как отдельный орган СНБ, а до этого функционировали в составе МО РА.

В сложившейся сложной геополитической и региональной ситуации органы ВКР СНБ РА успешно выполняют возложенные на них законодательством функции, отличаясь раскрытием резонансных преступлений, угрожающих национально-государственной безопасности РА. Не секрет, что первоочередной мишенью иностранных спецслужб являются Вооруженные силы РА.